Tuy nhiên, qua phản ánh của các Sở GD&ĐT, việc triển khai Nghị định số 42 chưa được thống nhất; một số nơi còn lúng túng, khó khăn.
Ngày 4/12/2013, Bộ trưởng ban hành Thông tư số 39/2013/TT-BGDĐT Hướng dẫn thanh tra chuyên ngành trong lĩnh vực giáo dục.
Để tiếp tục đổi mới hoạt động thanh tra giáo dục tại địa phương, Bộ GD&ĐT đề nghị các Sở GD&ĐT căn cứ Nghị định số 42/2013/NĐ-CP, Thông tư số 39/2013/TT- BGDĐT và tình hình thực tiễn tại địa phương để điều chỉnh, bổ sung kế hoạch thanh tra năm học.
Trong đó, chú ý tuyên truyền, phổ biến Luật tiếp công dân 2013, Nghị định số 42/2013/NĐ-CP, Thông tư số 39/2013/TT-BGDĐT và Nghị định số 138/2013/NĐ-CP ngày 22/10/2013 của Chính phủ Quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực giáo dục.
Phối hợp với Thanh tra tỉnh, thành phố trong việc thanh tra hành chính và hướng dẫn Thanh tra huyện tổ chức thanh tra hành chính đối với các cơ sở giáo dục theo thẩm quyền.
Thực hiện nhiệm vụ thanh tra các cơ sở giáo dục TCCN, ĐH trên địa bàn theo quy định tại Nghị định số 42/2013/NĐ-CP.
Kiện toàn đội ngũ thanh tra Sở và cộng tác viên thanh tra để đáp ứng yêu cầu đổi mới hoạt động thanh tra.
Việc ban hành quyết định thanh tra cần thực hiện theo quy định tại Thông tư số 39/2013/TT-BGDĐT, trong đó ưu tiên thanh tra đối với các vấn đề bức xúc, các điểm nóng mà xã hội quan tâm. Cần chú trọng chất lượng thanh tra mà không quá chú trọng số lượng các cuộc thanh tra và số lượng đối tượng thanh tra.
