Khi được Chính phủ quyết định thành lập Tổng cục Khí tượng Thủy văn và Cục Biến đổi khí hậu, sẽ thực hiện đổi tên Trung tâm Dự báo khí tượng thủy văn Trung ương thành Trung tâm Dự báo khí tượng thủy văn quốc gia; tổ chức lại Trung tâm Mạng lưới khí tượng thủy văn và môi trường trực thuộc Trung tâm Khí tượng Thủy văn quốc gia để thành lập Cục Kỹ thuật điều tra cơ bản khí tượng thủy văn.
Kiện toàn, đổi tên 2 đơn vị trực thuộc Cục Khí tượng Thủy văn Biến đổi khí hậu hoặc khi thành lập Cục Biến đổi khí hậu, gồm: Trung tâm Công nghệ ứng phó biến đổi khí hậu thành Trung tâm Ứng phó biến đổi khí hậu; Trung tâm Bảo vệ tầng ô-dôn thành Trung tâm Bảo vệ tầng ô-dôn và phát triển kinh tế các-bon thấp.
Trung tâm Khí tượng Thủy văn quốc gia hoạt động theo cơ chế đơn vị sự nghiệp tự đảm bảo một phần chi thường xuyên. Các đơn vị còn lại hoạt động theo cơ chế đơn vị sự nghiệp tự đảm bảo chi thường xuyên.
